与国药集团、上药集团、先声药业等理事会单位共建“校企联合研究院”，围绕小分子药物、大分子药物、现代中药和医疗器械等重点领域，开展应用基础研究、关键技术研发、产品研发、上市产品再开发及医药监管研究等，加快双方的科技成果转化。

学校发起并成立“中国生物医药产教融合共同体”，成员单位包括中国医学科学院北京协和医学院等全国重点研究机构，南京鼓楼医院等多所研究型医院，北京大学等全国生物医药头部高校，国药集团等多家头部企业等43 家理事长、副理事长单位，158 家成员单位。江苏省工信厅、南京江北新区、中国药科大学共同举办智能药学产教融合创新发展大会暨生物医药集群产才对接专场活动。学校与华大基因、中国科学院深圳先进技术研究院、晶泰科技、英矽智能、深势科技、海南乐城真实世界数据研究院成立“智能药学产教融合发展共同体”。